南京海员训练班到南京海运学校（1951.1-1990.4）
1949年9月，原国民党招商局“海辽”号等18艘海轮相继起义；
1950年12月，中央人民政府交通部和中国海员总工会决定创办南京海员训练班，腾出南京白下路复兴巷内斛斗巷19号，把原国民政府新建还未完工的立法院立法委员宿舍，作为创办训练班的校址。
1951年1月，南京海员训练班正式开学，成为新中国最早的海员学校。中央政府为发展新中国航海事业，成立了新中国第一所船员培养专门学校——南京海员训练班，初期学员为700多名起义船员，“重庆”舰起义官兵担任教员。
1953年1月，海员培训班改建为中国海员干部学校。
1955年，交通部决定在海员干部学校的基础上筹办海员专业技术学校，改名为南京初级航海学校。
1957年9月，经交通部海运总局与劳动部研究确定，学校为技工性质，培养目标为普通船员，改名为南京海运工人技术学校，划归交通部上海海运局领导。
1960年1月，交通部决定将学校改为中专，命名为交通部上海海运管理局南京海运学校。
1964年8月，随着我国远洋运输船队的建立与发展，航运企业对远洋船员的迫切需求，经交通部决定，学校划归交通部远洋运输局领导，改名为南京远洋技工学校。
1965年9月，又改名为南京远洋海员学校，成为远洋运输局第一所直属学校。
1973年3月，鉴于远洋运输事业的迅速发展，国家急需培养大量船员，交通部下达了《关于恢复南京远洋海员学校的通知》，学校改名南京海员学校。
1990年4月，交通部批准“南京海员学校”恢复原“南京海运学校”校名。
南京河运工人技术学校到南京航运学校（1956.2-1992）
1956年2月，依照中央交通部河运总局指示，按照海运、河运人才培养计划，在南京下关唐山路126号，筹建一所以培养内河轮驳驾驶方面的初级技术人才为目标的新学校——南京河运技工学校。
1958年4月，长江航务管理局决定武汉技校和南京技校合并，学校由中技升格为中专。此为学校第一次的并校。
1959年2月，长江航务管理局通知改校名为“长江航运管理局南京航运学校”。
1959年5月，长江航务管理局确定校名更换为“南京长江航运学校”。
1961年下半年，金陵船厂技校并入本校，此为学校第二次并校。
1962年10月，停办中专工作结束后，学校恢复单一的技工学校，根据交通部和长江航务管理局的指示，校名改为“南京长江航运技工学校”。
1965年11月，学校复改名为“南京河运学校”。
1965年11月-1972年3月,受文革动乱的影响，南京河运学校的招生和办学一度处于停滞状态。
1972年3月，上海分公司根据交通部的指示，正式下达恢复招生任务，南京河运学校开始复校。
1977年起，全国高等学校和中等专业学校恢复入学考试制度。学校于“文革”后，首批经过统考录取新生315名。
1978年至1985年，除历年短训班根据委托单位需要，专业不固定外，学校专业基本稳定。
1979年4月27日，长航局以长航教（79）字第413号文通知，明确学校为“中专”。与金陵船厂分校分开，独立办校。
1980年3月，长江航务管理局以长航教（80）332号文决定学校由长江航务管理局直接领导。
1980年，接受南京市教育局所属“南京市走读中专学校”委托，代办走读中专工业企业电气设备专业二个班。
1992年，南京河运学校恢复原“南京航运学校”校名。
联合办学阶段（2003.7- ）
2003年7月，经江苏省人民政府批准南京海运学校和南京航运学校合，并组建成江苏海事职业技术学院。
